Tizennyolc éves koráig a felvidéki Fülek városában nevelkedett, 1992 óta él Magyarországon. 1985 óta foglalkozik népzenei terepkutatással, illetve a népzene aktív művelésével. Gyűjteménye mára összesen több mint 700 órányi felvételt tartalmaz. Barátaival 1997-ben alapította meg a Fonó Zenekart. A társulat munkájában a laikusok számára rejtett dimenziók, a népzenei stílusok szigorú keretein belül testet öltő színek és hangulatok feltárása mellett a közelítések, azaz a műfajok közötti létező kapcsolódások megjelenítésével is találkozhatunk.
Agócs Gergely gyűjtőtevékenysége elsősorban a felvidéki magyarság tájegységeire irányul, de gyűjteményében más magyarlakta területeken, illetve a szomszédnépek régióiban készített népzenei felvételek is szerepelnek. A gyűjtést különféle keleti rokonnépek településterületeire is kiterjesztette. Ez irányú vizsgálatai közül a legjelentősebb az észak- kaukázusi türk népek körében dokumentált, több mint 1500 dallamot számláló népzenei gyűjteménye. Az ezredforduló éveiben a Fonó Budai Zeneház „Utolsó Óra” népzenegyűjtési programja felvidéki részének szakmai vezetője, majd a projekt eredményeként 2011-ben megjelent Új Pátria lemezsorozat egyik szerkesztője. 2008 óta a Liszt Ferenc Zeneművészeti Egyetem Népzene Tanszékének óraadó tanára, 2012 óta a Magyar Néprajzi Társaság Néptánc-Népzene Szakosztályának elnöke. A Fonó Zenekarral a világ számos országában szerepelt, a magyar népzene értékeit képviselni tudta Európa több, nagynevű koncerttermében. A társulat 2003-ban elnyerte a rangos párizsi zenei szaklap, a Le Monde de la Musique Choc de l’ Année díját, 2005-ben az „év folkzenekara” kategóriában a Magyar Rádió eMeRTon díját, 2007-ben pedig a Magyar Művészeti Akadémia Kodály Zoltán emlékdíját.